ABINIT-MP: Ab initio Fragment MO Method Program

非経験的分子軌道法（ab initio MO法）および ab initio フラグメントMO法プログラム ABINIT-MP のホームページです。

　ABINIT は、筑波大学化学系 菊池 修 教授の研究グループが開発を行っている非経験的分子軌道法（ab initio MO 法）プログラムです。 ABINIT-MP はABINIT を元に、フラグメントMO法の組込み及びmessage-passing interface (MPI) によるを並列化を行っているプログラムです。プログラムの開発については、

  1. 産業技術総合研究所 先端情報計算センター (TACC) 平成12年度高性能計算機利用促進課題 ｢分子シミュレーション手法の開発に関する研究｣
  2. 情報処理振興事業協会(IPA) 平成13年度未踏ソフトウェア創造事業 「フラグメント分割法に基づいた並列分子計算プログラムの開発」報告論文（PDF文書）
  3. 科学技術振興事業団 平成13年度計算科学技術活用型特定研究開発推進事業(ACT-JST) 「ＤＮＡのナノ領域ダイナミクスの第一原理的解析」
  4. 文部科学省 ITプログラム 「戦略的基盤ソフトウェアの開発（2002〜2006年度） タンパク質ｰ化学物質相互作用解析」
による支援を受けています。
[国立医薬品食品衛生研究所] [Google] [便利コム!!] [日本標準時]
更新情報 [2002/10/31] [更新履歴] ABINIT-MPの利用条件
  1. フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPは無償かつ無保証で提供される。ABINIT-MPの著作権者及び配布者は、ABINIT-MPを運用した結果に対して一切の責任を負わない。
  2. ABINIT-MPを運用する行為に関して制限はないが、結果を発表する場合には、
    T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, K. Fukuzawa, Y. Akiyama, M. Uebayasi, K. Kitaura, Chem. Phys. Lett. 351 (2002) 475-480.
    を引用する。またABINIT-MPを改良したプログラムを運用した結果を発表する場合は、ABINIT-MPの引用文献の他に、元となったABINIT-MPのバージョンと改良点を明記する。
プログラムのダウンロード

ABINIT-MPのインストール方法（ABINIT-MP 利用マニュアル第1章インストール方法 をご覧下さい。）

ABINIT-MPの実行方法（ABINIT-MP 利用マニュアル第2章実行方法 をご覧下さい。）

ABINIT-MPの入力データおよび計算結果

(Gly)n alpha helix FMO-HF/STO-3G 一点計算
nPDB構造データ入力データFMO計算結果
5g05a.pdbg05a.ajfg05a.086
10g10a.pdbg10a.ajfg10a.011
15g15a.pdbg15a.ajfg15a.001

Crambin (PDB:1EJG chain A, 46残基, 原子数642）FMO-HF/STO-3G 一点計算
入力ファイル：1ejg_a.ajf
PDBファイル：1ejg_a1.pdb

ABINIT-MPのドキュメント（PDF文書の表示には、Adobe Acrobat Readerが必要です。）

ABINIT-MPの計算結果の可視化

　ABINIT-MP Viewerは、

  1. タンパク質の分子構造の表示
  2. 電子密度、静電ポテンシャル等値面表示
  3. 電子密度等値面上に静電ポテンシャルの値による色付けした表示（表示例 JPEG, 43KB）
  4. 分子構造の編集
  5. フラグメント間相互作用解析
を行うことができます。ABINIT-MP Viewerの実行には、 Java および Java3D が必要です。インストール方法や利用方法については、Viewer利用マニュアルをご覧下さい。

フラグメント分子軌道法 参考文献

  1. Pair interaction molecular orbital Method: an approximate computational method for molecular interactions; K. Kitaura, T. Sawai, T. Asada, T. Nakano, M. Uebayasi, Chem. Phys. Lett. 312 (1999) 319-324.
  2. Fragment molecular orbital method: an approximate computational method for large molecules; K. Kitaura, E. Ikeo, T. Asada, T. Nakano, M. Uebayasi, Chem. Phys. Lett. 313 (1999) 701-706.
  3. Fragment molecular orbital method: application to polypepties; T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, Y. Akiyama, M. Uebayasi, K. Kitaura, Chem. Phys. Lett. 318 (2000) 614-618.
  4. Fragment molecular orbital method: analytical energy gradients; K. Kitaura, S. Sugiki, T. Nakano, Y. Komeiji, M. Uebayasi, Chem. Phys. Lett. 336 (2001) 163-170.
  5. Fragment molecular orbital method: use of approximate electrostatic potential; T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, K. Fukuzawa, Y. Akiyama, M. Uebayasi, K. Kitaura, Chem. Phys. Lett. 351 (2002) 475-480.
  6. Ab initio ペア近似法による並列分子軌道計算プログラムABINIT-MPの作成と性能評価; 佐藤智之, 秋山泰, 中野達也, 上林正巳, 北浦和夫, 情報処理学会論文誌：ハイパフォーマンスコンピューティングシステム, 41 (2000), 104-112.
  7. タンパク質の第一原理電子状態計算 −生体化学反応の理論的解析を目指して−; 中野達也, 高島一, 長嶋雲兵, シミュレーション, 19 (2000), 271-281.
  8. Fragment MO法 −巨大分子・分子系計算のための計算法−; 北浦和夫，JCPE J. 13 (2001), 3-12.
  9. フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPにおける2電子積分ルーチンの高速化ならびに並列化と性能評価; 稲富雄一, 中野達也, 北浦和夫, 長嶋雲兵, 情報処理学会論文誌：ハイパフォーマンスコンピューティングシステム, 42 (2001), 28-35.
  10. 産総研など 蛋白の電子状態計算法を開発, リガンド探索に有効; 日経バイオテク 2001.7.16

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ソフトウェアへのリンク

nakano@nihs.go.jp
Last updated:2002/10/31